Совместно с немецкой издательской фирмой Брокгауз основал в 1889 году акционерное издательское общество «Ф.А. Брокгауз — И.А. Ефрон», которое выпустило практически все крупные русскоязычные энциклопедии того времени:

Большой энциклопедический словарь в 86 полутомах (1890—1907);

Малый энциклопедический словарь (1-е изд., 3 тт., 1899—1902; 2-е изд., 2 тт., 1907—1909);

Новый энциклопедический словарь в 48 тт., из которых вышло только 29 тт. (1911—1916; издание прервалось на слове «Отто»);

Еврейская энциклопедия в 16 тт. (1908—1913).